Митрополит Меркурий родился 21 января 1964 г. в г. Порхове Псковской обл. в семье рабочих. В 1981 г. окончил среднюю школу. В 1981-1982 гг. работал медбратом в районной больнице. В 1982 г. поступил в Ленинградский педиатрический медицинский институт, который окончил в 1989 г., получив диплом врача-педиатра.
В юности был иподиаконом у Псковских архиереев — митр. Иоанна (Разумова) и архиеп. Владимира (Котлярова, впосл. митрополит, ныне на покое).
12 марта 1988 г., во время учебы в институте принял монашеский постриг с именем в честь вмч. Меркурия Кесарийского.
15 января 1989 г. рукоположен архиеп. Смоленским и Калининградским Кириллом (Гундяевым, ныне Патриарх Московский и всея Руси) во иеродиакона, 6 августа – во иеромонаха, назначен штатным священником Никольского собора Калининграда.
С 3 апреля 1990 г. настоятель Казанской церкви в пос. Янтарном. С 13 января 1991 г. настоятель Серафимовской церкви г. Светлогорска. С 5 мая 1993 г. настоятель церкви Рождества Богородицы Калининграда. 5 мая 1996 г. назначен настоятелем строящегося кафедрального собора Христа Спасителя в Калининграде.
17 ноября 1992 г. возведен в сан игумена.
28 дек. 1999 г. решением Синода РПЦ избран епископом Зарайским, викарием Московской епархии, управляющим Патриаршими приходами в США. 9 января 2000 г. возведен в сан архимандрита.
6 февраля 2000 г. хиротонисан во епископа в московском кафедральном соборе в честь Богоявления Господня в Елохово. Хиротонию совершали: Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий; митрополиты Минский и Слуцкий Филарет, Патриарший экзарх всея Беларуси, Крутицкий и Коломенский Ювеналий, Смоленский и Калининградский Кирилл, Солнечногорский Сергий, Волоколамский и Юрьевский Питирим; архиепископы Псковский и Великолукский Евсевий, Тверской и Кашинский Виктор; епископы Бронницкий Тихон, Балтийский Пантелеимон, Орехово-Зуевский Алексий, Красногорский Савва. Руководил работами по реставрации и реконструкции Свято-Николаевского патриаршего кафедрального собора Нью-Йорка.
Экстерном окончил Санкт-Петербургские православные духовные семинарию и академию. 7 июня 2007 г. удостоен Ученым Советом СПбДА ученого звания кандидата богословия за соч. «Труды блаженного Августина, епископа Иппонийского, как литургический источник».
- Определением Священного Синода от 31 марта 2009 г. (журнал № 18) освобожден от обязанностей управляющего Патриаршими приходами в США и назначен председателем Синодального отдела религиозного образования и катехизации.
- Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла назначен настоятелем Подворья Патриарха Московского и всея Руси храмов Высоко-Петровского монастыря г. Москвы.
- 10 октября 2009 года решением Священного Синода (журнал № 101) назначен наместником Высоко-Петровского ставропигиального мужского монастыря г. Москвы.
- Распоряжением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла с декабря по июль 2010 года окормлял приходские храмы на территории Северного административного округа г. Москвы (Всехсвятское благочиние).
- С 22 марта 2011 г. – член Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.
- В апреле 2011 г. назначен настоятелем Храма Воскресения Словущего на Ваганьковском кладбище города Москвы
- Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 27.07.2011 (Журнал №68) назначен Преосвященным Ростовским и Новочеркасским с временным сохранением должности Председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации.
- Решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 г. (журнал № 132) назначен главой новообразованной Донской митрополии, объединяющей Ростовскую (епархиальный архиерей), Волгодонскую и Шахтинскую епархии; также определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 06.10.2011 (журнал №120) назначен временно исполняющим обязанности ректора Донской духовной семинарии.
- 8 октября 2011 года на малом входе Божественной литургии в Успенском соборе Троице-Сергиевой лавры Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом возведен в сан митрополита Донского.
- Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. (журнал № 77) освобожден от должности наместника Высоко-Петровского монастыря г. Москвы.
- Решением Священного Синода от 29 мая 2013 г. (журнал № 62) освобожден от обязанностей ректора Донской духовной семинарии.
- Указом Святейшего Патриарха Кирилла № У-01/343 от 17 июля 2013 г. назначен настоятелем храма Успения Божией Матери в Вешняках г. Москвы.
- Указом Святейшего Патриарха Кирилла № У-02/216 от 31 декабря 2018 г. освобожден от должности настоятеля Успенского храма в Вешняках и назначен настоятелем храма Преображения Господня в Тушине г. Москвы.