Воскресная школа была создана 4 ноября 1999 года по благословению настоятеля прихода, которым в то время был игумен Меркурий (Иванов) (ныне — митрополит Ростовский и Новочеркасский, Председатель Синодального отдела религиозного образования и катехизации).
4 ноября 2014 года практически все учащиеся школы, а также ее преподаватели приняли участие в праздничной Божественной литургии, которую совершил духовник школы священник Михаил Селезнёв. Богослужебные песнопения исполнял детско-юношеский хор собора под управлением Марины Буковой, сообщает пресс-служба Калининградской епархии.
По окончании богослужения дети крестным ходом проследовали в трапезную собора, где их ожидало угощение. Затем в конференц-зале собора для детей и их родителей был продемонстрирован новый фильм о воскресной школе, снятый штатным режиссером-оператором собора Андреем Карпенко. На протяжении всего учебного года он снимал сюжеты о деятельности школы и на их основе создал интересный 20-минутный фильм.
Руководителем школы является Ирина Шепелева, которая, так же, как и практически все другие преподаватели, неизменно трудится в школе с самого начала.
На данный момент в воскресной школе обучается 151 человек из различных общеобразовательных калининградских школ. За все 15 лет своего существования обучение в Воскресной школе собора прошли около двух тысяч детей.
