Для проведения её конфессиональной аттестации по благословению Председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации митрополита Ростовского и Новочеркасского Меркурия 4-5 сентября 2014 года учебное заведение посетил заведующий сектором православного образования Синодального отдела священник Алексий Алексеев.
Отец Алексий ознакомился с материально-технической базой образовательной организации, которая в настоящее время включает в себя два корпуса, спортивный зал, более 20 учебных классов, библиотеку, столовую. Здание было специально построено для гимназии и отвечает всем необходимым современным требованиям.
Высокий уровень безопасности учебного заведения обеспечивается за счёт электронной системы допуска. Дети используют электронные ключи. Каждый класс снабжён интерактивным оборудованием и функциональными партами.
В настоящее время в гимназии обучаются дети с первого по девятый класс, кроме того, организована подготовительная и дошкольная группа, всего более 200 человек. Общее количество преподавателей — более 50 человек. Во многом создание такого высокопрофессионального коллектива стало возможным благодаря директору школы А.И. Хребтовой, которая в течение нескольких лет до этого была министром образования Калининградской области.
Каждое занятие начинается с молитвы. Со второго класса детям преподаются Основы православной культуры, а многие предметы Федерального государственного образовательного стандарта изучаются через призму православного мировоззрения.
Священник Алексий Алексеев посетил занятия по Основам православной культуры, изобразительному искусству, церковному пению и литературе и пообщался с руководством гимназии и педагогами.
Также во время поездки отец Алексей встретился с епископом Балтийским Серафимом, представителями министерства образования Калининградской области, Института открытого образования. На встрече обсуждалась возможность проведения на базе Института подготовки педагогов по вероучительным предметам из Северо-Западного федерального округа.
Православная гимназия города Калининграда была построена в 2008 году по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, который является правящим архиереем Калининградской епархии. В настоящее время православная гимназия является лучшей частной образовательной организаций региона.
У руководства учебного заведения много планов, среди которых и проведение богослужений с участием детей, и индивидуальная работа с родителями и педагогами.